Hệ sinh thái rừng ở đây nằm trong thảm thực vật nhiệt đới, á nhiệt đới với 742 loài thực vật, 257 loài chim, 130 loài thú và bò sát, trong đó, các loại cây như: Pơ mu, dổi, trầm hương, de, lát hoa... và 67 loài động vật với nhiều loài nằm trong Sách đỏ Việt Nam. Khu rừng mang vẻ đẹp khác lạ và các địa danh tại đây như Mốc ngã 3 biên giới Việt Nam - Lào - Trung Quốc tại bản A Pa Chải, chợ biên giới A Pa Chải... thường xuyên có khách du lịch ghé đến tham quan.

Do đó, cùng với lối mở A Pa Chải, Khu bảo tồn Thiên nhiên Mường Nhé sẽ là điều kiện thuận lợi, tiềm năng lớn để khai thác vào phát triển hoạt động du lịch nói chung, du lịch sinh thái-khám phá và du lịch trekking nói riêng trên địa bàn.